Sejarah singkat Desa Bonyoh ini tidak Kami dapatkan dari lontar maupun prasasti serta babad, tetapi Kami himpun berdasarkan atas hasil wawan cara dengan para sesepuh Desa Bonyoh yang dapat dipercaya  kebenarannya, baik yang didapatkan dari leluhur yang sudah meninggal kemudian oleh yang masih hidup di Desa Bonyoh dapat Kami uraikan sebagai berikut  :

Dahulu kala disuatu tempat berdiri sebuah desa yang bernama Desa Kelaan ( desa yang bertempat di sebelah selatan desa Bonyoh sekarang ) pada saat kejayaan desa Kelaan dahulu terjadilah sebuah penomena aneh dan ajaib ,dimana dalam penomena tersebut tumbuh sebuah pohon beser sampai saat ini belum diketahui nama dan jenis dari pohon tersebut,dan yang menjadikan pohon tersebut aneh dan ajaib  adalah pohon ini berbuah keris,saking anehnya pohon tersebut banyak masyarakat dari luar desa kelaan yang menonton pohon tersebut dan setiap penonton yang datang dijamu oleh masyarakat Kelaan dan saking banyaknya penonton yang datang lama kelamaan habislah harta benda dari penduduk Desa Kelaan sampai sampai semua alat dapur digadaikan untuk menjamu para penonton yang datang dan setelah semuanya habis banyak penduduk Desa Kelaan yang pergi meninggalkan Desa Kelaan untuk menyambung hidup sampai sampai ada yang merantau ke daerah selatan yang sampai sekarang mendirikan desa yang bernama desa kelaan ,Tuban Badung dan yang sebagian masih tinggal di Desa Kelaan membuka lahan pertanian disebelah utara Desa Kelaan yang bernama Kebun Biu yang melewati sebuah hutan belantara dan setiap hari pergi kekebun Biu sampai ditengah hutan belantara tersebut penduduk Desa Kelaan mencium bau lauk pauk kelapa (bau nyuh) dan dicarilah sumber bau tersebut beramai ramai oleh penduduk Desa Kelaan sampai sampai membabat hutan untuk mencari sumber bau tersebut tetapi tidak diketemukan juga sumber bau lauk pauk kelapa (bon nyuh) tersebut. Karena hutan tersebut sudah rata dengan tanah dan posisi hutan tersebut bagus untuk tempat pemukiman dan dekat dengan kebun pisang maka  didirikanlah pemukiman yang bernama bonyuh yang berasal dari bau lauk pauk kelapa (bonyuh) dan semua penduduk kelaan pindah untuk menetap di  pemukiman yang di beri nama Bonyoh dan meninggalkan Desa Kelaan sampai sampai Desa Kelaan tidak ada penghuninya.